腸內的腫瘤或息肉通常會因糞便內的細菌而感染的機率大大超過咖啡灌腸時可能引發的感染，因此咖啡灌腸反而可以減少糞便滯留腸道過久產生的厭氧菌感染之可能性，因此對減少感染有大大加分的效果，但是若腫瘤與息肉有大出血或有切除傷口縫合療癒期間的情形則不適合做咖啡灌腸
